他拒绝参加任何不合时宜的传教，他全然不顾自己的健康和安危帮助他人，很多同他接触过的人都受献身精神和英雄主义的鼓舞，这样就有许多人皈依了基督教的信仰。唐淮源将军将他作为整个师的“神父”。他继续身先士卒，率领修道院的众人和兄弟会教众，领导着还没有将自己和爱国主义画上等号的农民，与军队并肩作战。雷鸣远和他的助手与各种形式的失败主义作斗争，组织援助难民，很快就进入第三军总指挥的视野，将其作为国家的“精神支柱”。就像1916年那样，他确信无疑中国是正确的一方，投身于这场战斗中，而教廷迫于日本压力禁止中国神职人员参战，这让雷鸣远蒙受很大的痛苦。更让人心痛的是有些神职毫不掩饰地站在侵略者一边。在蒋介石将军本人看来，这个力量微薄之人能以如此能量和克己苦身领导抗争，正好可以委以这样的重任，扩大他的影响。1938年9月，总统交给雷神父一个任务，组建并指挥一支“督导团”。这是一支辅助队伍，其作用是唤醒华北战区人民的爱国意识。雷鸣远在四川和山西省巡回招募志愿者，最多时一天开10次会议，并且在重庆重组益世报 后，在此以后回到山西，在这里他的队伍开办了造福当地农村的社会服务(教育、卫生、文化等领域的服务，并提供援助），并且从那时起动员全国抗战。为了在日本敌后组织这项活动，雷神父在1939年秋进入了河北省南部。但是共产党人这时虽然已经加入抗日统一战线，甚至在上年的年初还与雷神父的队伍有过很密切的合作，现在却计划在华北用他们自己的方式打他们自己的人民斗争。在他的集会上，雷神父开始断然批判他们的行事方法。1940年3月9日，他和众多兄弟会和他的组织的几名成员被共产党的军队俘虏。他一直被关到1940年4月17日。这时他的身体状况已经很差，他还要被迫接受再教育的精神折磨，一直到蒋介石威胁武装干涉而设法将他解救出来。在洛阳稍事照料后，雷神父被运往自由中国的首都重庆，1940年6月24日他在这里去世，正值洗者若翰瞻礼日，他也是耀汉小兄弟会主保圣人，当天还是董文学的瞻礼日，正是他激发他在中国传教并献出生命的愿望。