À 18 ans, le 6 novembre 1895, il entra comme novice chez les Lazaristes (Congrégation fondée par saint Vincent de Paul). Les cinq années d’études cléricales accomplies à Saint-Lazare (Paris), puis à Dax, sont marquées par une véritable passion pour la sainteté et la découverte de l’amitié (avec Antoine Cotta, étudiant lazariste d’origine égyptienne, de cinq ans son aîné, qui lui fit découvrir saint Paul) et l’attrait enthousiaste pour les études: en cette période de fermentation des idées modernes, le jeune clerc s’initie avec ardeur, au contact du Père Pouget, à l’exégèse historico-critique et profite des conseils du célèbre patrologue de l’abbaye de Maredsous, dom Germain Morin. Il écrit à son frère Adrien: «Je suis pour les critiques et les démocrates». La fougue qu’il met dans sa quête de la perfection porte préjudice à sa santé. En octobre 1900, ses supérieurs l’envoient à Rome se détendre, tout en pensant que les capacités de ce brillant étudiant permettront ensuite d’en faire un bon professeur dans un séminaire d’Europe. De mission en Chine, il ne semble plus être question pour lui, jusqu’à ce jour de décembre 1900 où le vicaire apostolique de Pékin, A. Favier, qu’on croyait avoir été massacré par les Boxers, passe à la maison romaine des Lazaristes. Le jeune Lebbe, qui n’a pas, loin s’en faut, abandonné son projet missionnaire, supplie l’évêque de l’emmener en Chine. Il n’est pas sous-diacre, il souffre de violents maux de tête; peu avant le départ, il devra s’aliter pendant dix jours. Cependant, évêque et supérieurs lazaristes donnent leur accord. Vincent va pouvoir réaliser l’idéal de son enfance.